12 év után folytatódnak Szamuráj Jack epikus kalandjai és ezúttal is a sorozat megalkotója és producere, Genndy Tartakovsky vezeti a munkafolyamatot.
A történet szerint 50 év telt el a 4. évad óta és Aku az összes létező portált elpusztította, amivel Jacknek esélye lett volna visszautaznia a múltba, hogy megakadályozza Aku hatalomra törését és ne lehessen a világmindenség ura. Jack abszolúte nem öregszik, ami az időutazás egy mellékhatása és úgy néz ki, ez egy kicsit megviselte szerencsétlent. De nem adja fel és harcol tovább.