Oto szigeténél több hajó rejtélyes körülmények közt eltűnik, amire válaszul a japán kormány tudományos expedíciót indít a titokzatos események felderítésére. A helyi öregek egy régi legendáról beszélnek, a szörnyről, aki a mélységből felemelkedve a szárazföldre jön, hogy emberhússal táplálkozzon… Hamarosan kiderül, hogy a Gojirának nevezett gigászi bestia tényleg létezik, és úgy tűnik, víz alatti atomrobbantások miatt hagyta el tengerfenék közeli otthonát. Míg egy neves tudós tanulmányozni szeretné a lényt, addig mindenki más azon gondolkodik, hogyan lehetne elpusztítani. Egy fegyver hozta létre a bestiát és úgy tűnik, csak egy másik pusztító találmány végezhet vele – de akkor mikor lesz vége a rombolásnak?